在使用臺式凍干機前必須要先進行預凍，預凍需要準備低溫冰箱，零下40攝氏度，或者是零下80攝氏度的低溫冰箱，把準備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，一般需要四個小時左右，可以直接從外面進行觀察到，物品*冰凍結實后，才可進行冷凍干燥的實驗，把物品迅速移動到冷凍干燥機托盤之內，以保證冷凍干燥效果。
 

　　臺式凍干機控制軟件系統為安卓系統，凍干過程均有可編程程序自動控制，可實時切換為人工操作，實現凍干過程全程參數控制，在運行過程中系統自動監控檢測并記錄儲存相關數據，也可通過標配遠程系統進行監控，儲存多個固定或自定義程序，可數字密碼簽名
 

　　主機與真空泵之間由綠色的真空管連接，連接處使用標準卡箍。這種卡箍為了有效防止空氣的泄漏，在卡箍內特別設計了一只密封橡膠圈，涂抹適量真空脂在橡膠圈上，再用卡箍卡緊，能使連接處更緊密的貼合在一起，從而有效的防止漏氣。如果沒有卡緊卡箍，就會造成空氣泄漏，導致在抽取真空的時候儀表盤顯示數顯值大于20pa，此時就應該檢查真空泵以及冷凍干燥機玻璃罩的氣密性。
 

 

　　臺式凍干機主機的右側板上設有兩個電源插座，一個將真空泵的電源線連接上主機，再將第二個設備上的總電源插上電源。
 

　　真空泵運轉前必須檢查是否加入真空泵油，否則不能正常運行。油面不得低于油鏡的中線，真空泵剛開始使用時有比較強烈的抖動，慢慢的會變的平穩。
 

　　如果氣密性不好，應該在冷阱上方的密封橡膠圈涂抹一些真空脂，將有機玻璃罩輕旋在橡膠圈上，在打開真空泵測試其封密性，以確保其封閉的完整。